護福進入第三個十年，有了重大轉變，2003年，一位護福姊妹提供了位於台北武昌街的住家二樓給護福使用，護福至此搬離了校園團契，有了獨立運作的場域。為使財務亦能獨立運作，成立社團法人的意念，在韓師母的提議下，正在逐步成形。在2005年終於完成內政部立案，「中華民國護士福音團契」正式走入歷史，更名為「台灣護理人員福音協會」（亦簡稱護福），宗旨目標不變，成為台灣唯一屬於宗教團體類的護理社會團體。由理監事會取代原本的策劃執行委員會，持續推動護福的發展。第一次會員大會選出了15位理事，5位監事，並選出當時任教於國立台北護理學院的陳瑞美老師為第一任理事長，任期3年，秘書長則由原本擔任總幹事的彭瑞卿姊妹轉任。為使轉型後的護福能更有效運作，特別成立了「護福再造」研擬小組，再次確認護福的異象使命、組織架構、及各職份工作職掌，為更名後的護福，奠定了持續拓展的基石。

2007年，彭瑞卿秘書長離職，由南區全職傳道王秀吟姊妹及全職同工劉成英姊妹代理秘書長，綜理會務，在上帝的保守，與團隊的合作下，完成第一屆三年的運作，奠定社團法人行政作業模式，並於2009年3月順利產生第二屆理監事團隊，並選出當時由護理主管退修的房基璇姊妹擔任第二及連任第三屆理事長。此階段護福經歷了三次搬遷，2005年8月搬遷至三重，受到保力達B企業基金會支持，提供了十分寬敞的空間，可作為辦公及會議的場域。但因該處交通較不便利，為強化護福肢體間交流的便利性，2010年搬遷至台北羅斯福路三段。每次的搬遷都顯見上帝恩典的厚賜，護福正走向另一段想像不到的更新道路—邁向國際。